เมื่อครูบาศรีวิชัยนักบุญแห่งล้านนาไทยได้มรณภาพเมื่อวันที่ 21 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2481 ณ วัดบ้านปาง อำเภอลี้ จังหวัดลำพูน เมื่อสิริอายุได้ 60 ปี ได้มีการตั้งศพไว้ที่วัดบ้านปาง อำเภอลี้ จังหวัดลำพูน เป็นเวลา 1 ปี และต่อมาได้มีการเคลื่อนย้ายศพมาตั้งไว้ ณ วัดจามเทวี อำเภอเมืองลำพูน จังหวัดลำพูน จนกระทั่งวันที่ 21 มีนาคม พ.ศ. 2489 จึงได้รับพระราชทานเพลิงศพ โดยมีประชาชนมาร่วมในพิธีพระราชทานเพลิงศพจำนวนมาก และประชาชนเหล่านั้นได้เข้าแย่งชิงอัฏฐิธาตุของครูบาศรีวิชัย ตั้งแต่ไฟยังไม่มอดสนิท แม้แต่แผ่นดินตรงที่ถวายพระเพลิง ก็ยังมีผู้ขุดเอาไปสักการบูชา
อัฐิธาตุของครูบาศรีวิชัยที่สามารถรวบรวมได้ถูกแบ่งออกเป็น 7 ส่วน เพื่อไปบรรจุตามวัดต่างๆ ทั่วแผ่นดินล้านนา ดังนี้
- ส่วนที่ 1 บรรจุที่ วัดจามเทวี จังหวัดลำพูน
- ส่วนที่ 2 บรรจุที่ วัดสวนดอก จังหวัดเชียงใหม่
- ส่วนที่ 3 บรรจุที่ วัดพระแก้วดอนเต้าสุชาดาราม จังหวัดลำปาง
- ส่วนที่ 4 บรรจุที่ วัดศรีโคมคำ จังหวัดพะเยา
- ส่วนที่ 5 บรรจุที่ วัดพระธาตุช่อแฮ จังหวัดแพร่
- ส่วนที่ 6 บรรจุที่ วัดน้ำฮู จังหวัดแม่ฮ่องสอน
- ส่วนที่ 7 บรรจุที่ วัดบ้านปาง อำเภอลี้ จังหวัดลำพูน
ชาวบ้านในชุมชนวัดหมื่นสารเล่าสืบต่อกันมาว่าในขณะที่มีการพระราชทานเพลิงศพครูบาศรีวิชัยที่ลำพูนนั้น ครูบาขาวปีหรือครูบาอภิชัย (พ.ศ. 2432-2520) ซึ่งเป็นศิษย์เอกของครูบาศรีวิชัยได้มา ‘นั่งหนัก’ เพื่อบูรณะวัดหมื่นสารร่วมกับครูบาอินตา อินทปญโญ อดีตเจ้าอาวาสวัดหมื่นสารและเจ้าคณะตำบลหายยาเมื่อประมาณปี พ.ศ. 2489-2492 เมื่อมีการแบ่งอัฐิครูบาศรีวิชัยนั้น ครูบาขาวปีกับนายอินทร์ ดำรงฤทธิ์หรือนายอินทร์ วิลเลี่ยม (ซึ่งเป็นลูกเลี้ยงของนายเบน วิลเลี่ยม ผู้จัดการบริษัทบอร์เนียวจำกัด เชียงใหม่) นำขบวน “สลุงหามปัน” ไปรับอัฐิครูบาศรีวิชัยกลับมาถึงยังวัดหมื่นสารเป็นเวลาค่ำ จึงได้มีการเก็บอัฐิของครูบาศรีวิชัยไปไว้ที่ปรำของครูบาขาวปี ระหว่างนั้นนายอินทร์ได้จ้างลุงสมมโนซึ่งเป็นพ่อของนางบัวเขียว วงศ์เลิศ ทำตลับนาคเพื่อบรรจุอัฐิธาตุ ต่อมานายป้อม เทพมงคล ได้จ้างนายอินตา เทพมงคล ซึ่งเป็นหลานชายและเป็นช่างทำโกฎเงินเพื่อบรรจุตลับนาคอีกชั้นหนึ่ง
ต่อมาประมาณปี พ.ศ. 2492 (แต่บางคนบอกว่าวันที่ 13 กรกฎาคม 2489) ได้มีการจัดขบวนแห่อัฐิครูบาศรีวิชัยจากวัดหมื่นสารเพื่อนำไปไว้ที่วัดสวนดอกตามวัตถุประสงค์เดิม โดยมีการตั้งขบวนแห่จากสถานีรถไฟไปยังวัดสวนดอก ส่วนผู้ที่ทำหน้าที่อัญเชิญอัฐิธาตุครูบาศรีวิชัยนั้นทางครูบาขาวปี พระสงฆ์และคณะกรรมการวัดหมื่นสารต่างเห็นพ้องต้องกันว่าควรเป็นคนหนุ่มบ้านวัวลายที่เป็นผู้มีความประพฤติตนตั้งอยู่ในศีลธรรม จึงได้มีการตกลงเลือกนายสิงห์คำ กาวิละ ช่างเงินบ้านวัวลาย ซึ่งตอนนั้นมีอายุได้ 16 ปี เป็นผู้เชิญผอบอัฐิธาตุไปยังวัดสวนดอก โดยมีพุทธศาสนิกชนเข้าร่วมขบวนและประพรมน้ำขมิ้นส้มป่อยตลอดสองข้างทาง เมื่อขบวนมาถึงวัดสวนดอกจึงได้มีการอัญเชิญอัฐิธาตุลงใส่ไว้ในสถูปที่มีช่องเปิด-ปิดได้ ระหว่างนั้นทางวัดสวนดอกก็มีการจัดงานมหรสพฉลองสมโภชเป็นเวลา 15 วัน 15 คืน โดยมีนายอินทร์เป็นผู้ออกค่าใช้จ่ายทั้งหมด
อย่างไรก็ตามเมื่อในช่วงที่มีการอัญเชิญอัฐิครูบาศรีวิชัยไปไว้ที่วัดสวนดอกนั้น เป็นช่วงที่วัดสวนดอกยังไม่มีเจ้าอาวาส จึงขาดผู้นำที่จะดูแลรักษาอัฐิธาตุ อีกทั้งในเวลานั้นครูบาขาวปีกับนายอินทร์ ดำรงฤทธิ์ เจ้าของผอบมีเรื่องหมางใจกัน นายอินทร์ ดำรงค์ฤทธิ์ จึงอัญเชิญอัฐิธาตุของครูบาศรีวิชัยมามอบให้ครูบาอินตา เจ้าอาวาสวัดหมื่นสารและเจ้าคณะตำบลหายยาเก็บรักษาไว้ตามเดิม ครั้นเวลาล่วงเลยไป 7 ปี ก็ไม่มีผู้ใดมาทวงคืนอัฐิธาตุดังกล่าว ทางครูบาอินตาเกรงว่าจะไม่ปลอดภัย จึงได้มอบหมายให้นายป้อม เทพมงคลร่วมกับนายอินตา เทพมงคล สร้างสถูปบรรจุอัฐิครูบาศรีวิชัยไว้ที่วัดหมื่นสาร โดยมีคณะศรัทธาวัดหมื่นสารได้ร่วมแรงร่วมใจกันบริจาคเงินสำหรับการก่อสร้างสถูปดังกล่าวจนแล้วเสร็จและมีการทำพิธีบรรจุเมื่อวันที่ 28 พฤษภาคม พ.ศ. 2496
ชาวชุมชนวัดหมื่นสารจึงถือว่าอัฐิครูบาศรีวิชัยที่บรรจุอยู่ในสถูปภายในวัดเป็นของแท้ และเป็นที่เคารพสักการะของชุมชนมาจนถึงปัจจุบัน โดยเหตุที่ประวัติศาสตร์วัดหมื่นสารเกี่ยวข้องกับครูบาศรีวิชัย ครูบาขาวปี และครูบาอินตา อินทปญโญ ดังนั้นในปี พ.ศ. 2545 พระครูโอภาสคณาภิบาล เจ้าอาวาสวัดหมื่นสารคนปัจจุบันจึงได้ร่วมใจกันสร้างรูปปั้นของครูบาทั้งสามและได้สร้างศาลาเงินเพื่อเป็นที่ประดิษฐานครูบาทั้งสามดังกล่าวเพื่อเป็นอนุสรณ์สถาน
