ในช่วงปลายสงครามโลกครั้งที่ 2 (พ.ศ. 2482-2488) นั้น วัดหมื่นสารได้ถูกกองทัพญี่ปุ่นจัดทำเป็นโรงพยาบาลเพื่อรักษาทหารญี่ปุ่นที่บาดเจ็บจากการสู้รบและที่เจ็บป่วย จากคำบอกเล่าของชาวบ้านวัดหมื่นสารว่าตอนหัวค่ำประมาณเดือนเมษายนหรือเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2488 ทหารญี่ปุ่นแต่งเครื่องแบบแบกปืนเดินกันมาเป็นขบวนเข้ามายังวัดหมื่นสาร ทั้งนี้อาจจะเป็นเพราะรอบๆวัดหมื่นสารมีสภาพเป็นป่า ซึ่งมีทั้งป่าไผ่ และป่าต้นเปล้า ด้านตะวันตกของวัดเป็นหนองน้ำยาวตลอดแนวกำแพงวัด และในตอนนั้นกำแพงวัดด้านตะวันตกและด้านใต้พังลงมาเหลือเป็นเพียงกำแพงเตี้ยๆสูงแค่เอว และบริเวณหนองน้ำด้านตะวันตกนี้เองที่ทหารญี่ปุ่นใช้เลี้ยงเป็ด ไก่และหมู เพื่อการบริโภค
และเนื่องจากทหารญี่ปุ่นฆ่าและชำแหละหมูไม่เป็นจึงได้จ้างวานชาวบ้านมาช่วยจัดการให้ โดยใช้บริเวณทางด้านใต้ข้างกุฏิพระที่ชาวบ้านเรียกว่า “โฮง” เป็นเรือนหลังเดี๋ยวลักษณะการสร้างแบบเรือนไทลื้อ ซึ่งมีบ่อน้ำอยู่ใกล้ๆเพื่อสะดวกในการชำแหละหมูที่ต้องใช้ทั้งน้ำร้อนและน้ำเย็น เมื่อชำแหละเสร็จเรียบร้อยแล้วทหารญี่ปุ่นจะเอาแต่เนื้อหมูไปปรุงอาหาร ส่วนที่เหลือคือหัวหมูและเครื่องในหมูได้ยกให้ชาวบ้านที่ชำแหละหมูนำกลับบ้าน
มีการจัดทำสถานพยาบาล ที่ชาวบ้านเรียกว่า “โฮงยาทหารญี่ปุ่น” ที่วัดหมื่นสาร โดยมีการจัดทำที่พักแรมและสถานพยาบาลที่ทำเป็นโรงทำด้วยไม้ไผ่และมุงด้วยใบตองตึง ด้านข้างปิดด้วยใบตองตึง โดยมีแคร่ไม้ไผ่ยาวตลอดโรง อีกทั้งมีการสร้างโรงเก็บศพในลักษณะเดียวกัน ปัจจุบันคือบริเวณกุฏิหลังใหม่ที่สร้างให้พระเณรอาศัย
เมื่อมีทหารญี่ปุ่นที่เจ็บป่วยก็จะถูกนำมาส่งที่สถานพยาบาลแห่งนี้ โดยมีหมอทหารและพยาบาลประจำอยู่ประมาณ 20-30 คน ซึ่งส่วนใหญ่ทหารญี่ปุ่นจะเจ็บป่วยด้วยโรคไข้จับสั่นหรือโรคมาลาเรีย และโรคขาดอาหาร เพราะต้องเดินเท้าผ่านป่าจากพม่าเข้ามาสู่พื้นที่ภาคเหนือของประเทศไทย เมื่อทหารญี่ปุ่นตายก็จะมีการนำศพมาเก็บไว้ที่โรงเก็บศพที่ทำด้วยไม้ไผ่ดังที่ได้กล่าวมาแล้ว หลังจากนั้นก็จะมีชาวบ้านที่ทำหน้าที่สัปเหร่อมานำศพใส่โลงศพแล้วนำไปวางบนกงล้อเข็น ที่มีวงล้อ 2 อันและมีไม้วางตรงกลางระหว่างกงล้อสำหรับวางโรงศพ โดยสัปเหร่อจะวางโรงศพพร้อมกัน 2 โลง แล้วเข็นไปเผาที่สุสานช้างคลาน โดยผ่านถนนวัวลาย ถนนราชเชียงแสน เข้าสู่ถนนระแกงไปสู่สุสานช้างคลาน
ภายหลังสงครามได้มีลูกของทหารที่เสียชีวิตได้เดินทางมาทำพิธีคารวะบิดาของเขาที่เสียชีวิตที่วัดหมื่นสาร ซึ่งต่อมามีการสร้างกู่หรือหอเก็บวิญญาณของทหารญี่ปุ่นที่เสียชีวิต ปัจจุบันมีการนำเอาศาลาวัดหมื่นสารมาสร้างเป็นพิพิธภัณฑ์ทหารญี่ปุ่นในช่วงสงครามโลกครั้งที่ 2 (จากคำบอกเล่าของลุงสูน บุญทา อายุ 79 ปี โดยมีลุงศรีพล บุญเฉลียว เป็นผู้บันทึก เมื่อวันที่ 12 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2543)
